일반세균(표준한천 배지내에서 성장하여 집락을 형성할 수 있는 중온성균을 말한다)은 1㎖중100CFU (Colony Forming Unit)를 넘지 아니할 것. 다만, 샘물의 경우 저온일반세균은 20CFU/㎖, 중온일반 세균은 5CFU/㎖를 넘지 아니하여야 하며, 먹는샘물의 경우 병에 넣은 후 4℃를 유지한 상태에서 12시간 이내에 검사하여 저온일반세균은 100CFU/㎖, 중온일반세균은 20CFU/㎖를 넘지 아니할 것.
대장균군(젖당을 분해하여 산과 가스를 발생하는 그람음성, 무포아성 간균으로 호기성 또는 통성혐기성 균을 말한다)은 50㎖(샘물 및 먹는샘물의 경우 250㎖)에서 검출되지 아니할 것. 다만 제4조 제1항 제1호 나목 및 다목의 규정에 의하여 매월 실시하는 총대장균군의 수질검사 시료수가 20개 이상인 정수시설의 경우에는 검출된 시료수가 5%를 초과하지 아니할 것.
대장균, 분원성대장균군은 100㎖에서 검출되지 아니할 것. 다만, 샘물 및 먹는 샘물의 경우에는 그러하지 아니하다.
분원성연쇄상구균·녹농균·살모넬라 및 쉬겔라는 250㎖에서 검출되지 아니할 것 (샘물 및 먹는샘물의 경우에 한한다)